วิสัยทัศน์
เป็นองค์กรหลักในการพัฒนามาตรฐานและคุณภาพการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร ให้การแพทย์แผนไทยบูรณาการสู่ระบบสุขภาพไทยเพื่อเพิ่มคุณภาพชีวิตคนไทย
พันธกิจ
๑. พัฒนาและจัดการองค์ความรู้การแพทย์แผนไทยและสมุนไพร
๒. พัฒนาและจัดการมาตรฐานยาและผลิตภัณฑ์สมุนไพร
๓. พัฒนาและจัดการคุณภาพการบริการด้านการแพทย์แผนไทย และการคุ้มครองผู้บริโภค
๔. พัฒนาระบบบริหารจัดการให้มีคุณภาพ
อำนาจหน้าที่
สถาบันการแพทย์แผนไทย มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
๑. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย และพัฒนาองค์ความรู้ด้านเวชกรรมแผนไทย ผดุงครรภ์แผนไทย เภสัชกรรมแผนไทย การนวดไทย และอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร
๒. กำหนด พัฒนาคุณภาพมาตรฐาน กลไกการรับรองมาตรฐาน คุณภาพการบริการและเสนอแนะเกี่ยวกับการคุ้มครองผู้บริโภคด้านการแพทย์แผนไทยและยาแผนไทย
๓. สนับสนุน ส่งเสริม ศึกษา และพัฒนาการวิจัยทางคลินิกด้านการแพทย์แผนไทยและสมุนไพรให้เป็นระบบตามหลักมาตรฐานสากล ตลอดจนเป็นศูนย์กลางความร่วมมือด้านการวิจัยทางการแพทย์ดั้งเดิมระดับชาติและระดับนานาชาติ
๔. พัฒนารูปแบบ ส่งเสริม สนับสนุน และจัดให้มีบริการการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ผสมผสานในระบบบริการสุขภาพ
๕. ประสาน สนับสนุน และพัฒนาความร่วมมือระหว่างประเทศด้านการแพทย์แผนไทยกับหน่วยงานการแพทย์ดั้งเดิมของประเทศอื่นและหน่วยงานระหว่างประเทศที่เกี่ยวข้อง
๖. ถ่ายทอดองค์ความรู้และเทคโนโลยีด้านการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร ให้แก่หน่วยงานภาครัฐ ภาคเอกชน ภาคประชาสังคม และประชาชน
๗. พัฒนามาตรฐานตำรับยาแผนไทย และให้การสนับสนุนกระบวนการในการขึ้นทะเบียนตำรับยาแผนไทยและผลิตภัณฑ์สมุนไพรอื่น
๘. กำกับ ดูแล ส่งเสริมและสนับสนุนการใช้ประโยชน์จากองค์ความรู้ด้านเวชกรรมแผนไทยผดุงครรภ์แผนไทย เภสัชกรรมแผนไทย การนวดไทย และอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร
๙. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
แผนย่อยภายใต้แผนปฏิบัติราชการ (Strategic Issues)
ระยะ 5 ปี (พ.ศ. 2566-2570) มีทั้งสิ้น 4 เรื่อง ได้แก่
กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก