วิสัยทัศน์ (Vision)
เป็นองค์กรหลักในการพัฒนามาตรฐานและคุณภาพการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร ให้การแพทย์แผนไทยบูรณาการสู่ระบบสุขภาพไทยเพื่อเพิ่มคุณภาพชีวิตคนไทย
พันธกิจ (Mission)
1. พัฒนาและจัดการองค์ความรู้การแพทย์แผนไทยและสมุนไพร
2. พัฒนาและจัดการมาตรฐานยาและผลิตภัณฑ์สมุนไพร
3. พัฒนาและจัดการคุณภาพการบริการด้านการแพทย์แผนไทย และการคุ้มครองผู้บริโภค
4. พัฒนาระบบบริหารจัดการให้มีคุณภาพ
อำนาจหน้าที่
สถาบันการแพทย์แผนไทย มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
1. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย และพัฒนาองค์ความรู้ด้านเวชกรรมแผนไทย ผดุงครรภ์แผนไทย เภสัชกรรมแผนไทย การนวดไทย และอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร
2. กำหนด พัฒนาคุณภาพมาตรฐาน กลไกการรับรองเกี่ยวกับการบริการการแพทย์แผนไทย ตำรับยาแผนไทย การผลิตยาจากสมุนไพร การจัดทำตำรามาตรฐานยาแผนไทยตามกฎหมายว่าด้วยผลิตภัณฑ์สมุนไพร และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง รวมทั้งเสนอแนะเกี่ยวกับการคุ้มครองผู้บริโภคด้านการแพทย์แผนไทย
3. พัฒนารูปแบบ กลไก ส่งเสริม สนับสนุน และจัดให้มีบริการการแพทย์แผนไทยในระบบบริการสุขภาพ
4. ถ่ายทอดองค์ความรู้และเทคโนโลยีที่เหมาะสมด้านการแพทย์แผนไทยและสมุนไพรให้แก่หน่วยงานภาครัฐ ภาคเอกชน ภาคประชาสังคม และประชาชน
5. กำกับ ดูแล ส่งเสริม และสนับสนุนการใช้ประโยชน์จากองค์ความรู้ด้านเวชกรรมแผนไทย ผดุงครรภ์แผนไทย เภสัชกรรมแผนไทย การนวดไทย รวมทั้งผลิตภัณฑ์สมุนไพรและที่เกี่ยวข้องกับการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร ทั้งมิติสุขภาพและเศรษฐกิจ
6. ประสาน สนับสนุน และพัฒนาความร่วมมือระหว่างประเทศด้านการแพทย์แผนไทย
7. กำหนดทิศทาง ประสานความร่วมมือเครือข่ายการผลิตพัฒนามาตรฐานการผลิต และพัฒนากำลังคนด้านการแพทย์แผนไทยในระบบสุขภาพ
8. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
แผนย่อยภายใต้แผนปฏิบัติราชการ (Strategic Issues)
ระยะ 5 ปี (พ.ศ. 2566-2570) มีทั้งสิ้น 4 เรื่อง ได้แก่
กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก