ประวัติการจัดตั้งสถาบันการแพทย์แผนไทย
เนื่องจากระบบการแพทย์แผนปัจจุบันเพียงระบบเดียวไม่สามารถแก้ปัญหาสุขภาพ ได้อย่าง ครอบคลุม จึงต้องการ วิธีการที่หลากหลายในการแก้ปัญหาสุขภาพอนามัย โดยเฉพาะระบบการ แพทย์แผนไทยซึ่งเป็นภูมิปัญญาดั้งเดิมของสังคมไทย
ดังนั้นสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ สำนักนายกรัฐมนตรี ได้มีการวางแผนพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ การศึกษาและสาธารณสุขในแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 7 โดยการ ส่งเสริมให้มีการดำเนินการพัฒนาภูมิปัญญาด้านการรักษาพยาบาลแบบพื้นบ้าน เช่น แพทย์แผนไทย สมุนไพรและการนวด ประสานเข้ากับระบบบริการสาธารณสุข
และในแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 8 ได้มีการสนับสนุน การพัฒนาเภสัชกรรมไทยและการแพทย์แผนไทยอย่างจริงจัง ฉะนั้นในปี พ.ศ. 2532 กระทรวงสาธารณสุขโดยมติเห็นชอบของคณะรัฐมนตรีได้จัดตั้ง "ศูนย์ประสานงานการแพทย์และเภสัชกรรมไทย" ขึ้นเป็นองค์กรประสานงานการ พัฒนาการแพทย์แผนไทย สังกัดสำนักปลัดกระทรวงสาธารณสุข แต่ด้วยความจำกัด ของขนาดและโครงสร้างขององค์กร และความจำกัดทางด้านงบประมาณ ทำให้องค์กร มิอาจรองรับการพัฒนาการแพทย์แผนไทยอย่างเต็มที่
ดังนั้นกระทรวงสาธารณสุขจึงได้จัดตั้ง "สถาบันการแพทย์แผนไทย" เป็นหน่วยงานระดับกอง สังกัดกรมการแพทย์ ตั้งแต่วันที่ 26 มีนาคม 2536 เพื่อเป็นศูนย์กลางการพัฒนา การประสานงาน การสนับสนุน และความร่วมมือด้านการแพทย์แผนไทย
ต่อมาเมื่อพระราชบัญญัติคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยได้มีการ ประกาศใช้ เมื่อวันที่ 29 พฤศจิกายน 2542 ซึ่งในมาตรา 12 ของพระราชบัญญัติดังกล่าว ได้ระบุให้มีสถาบันการแพทย์แผนไทยในสำนักงานปลัดกระทรวง โดยให้มีอำนาจหน้าที่ดำเนินการต่างๆ เกี่ยวกับการคุ้มครองและส่งเสริมการศึกษาอบรม การศึกษาวิจัย และพัฒนาภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร รับผิดชอบในงานธุรการและงานวิชาการของคณะกรรมการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญา การแพทย์แผนไทย
ต่อมาในปี 2544 นโยบายรัฐบาลปัจจุบันภายใต้การนำของ พ.ต.ท. ดร.ทักษิณ ชินวัตร แถลงต่อรัฐสภาเมื่อ วันที่ 26 กุมภาพันธ์ 2544 ให้งานแพทย์แผนไทยเป็นนโยบายด้านสาธารณสุข ในข้อ 10.1 ว่าด้วยการส่งเสริม และพัฒนาการจัดระบบองค์ความรู้และมาตรฐานด้านการแพทย์แผนไทย การแพทย์ทางเลือกสมุนไพรและสมุนไพร เพื่อนำไปใช้ในระบบบริการสุขภาพของรัฐอย่างมีคุณภาพและปลอดภัยซึ่งสอดคล้องกับภารกิจหลัก 1 ใน 18 ภารกิจของกระทรวงสาธารณสุข อันจะนำไปสู่การพัฒนา ให้ประชาชนมีสุขภาพแข็งแรงทั้งร่างการและจิตใจด้วยยุทธศาสตร์แห่งการพึ่งพาตนเองนับเป็นนิมิตหมายที่ดีที่รัฐบาลทุกยุคทุกสมัยให้ความสำคัญ และมีการพัฒนา งานการแพทย์แผนไทยอย่างต่อเนื่องมาโดยตลอด
และสืบเนื่องจากมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 5 มีนาคม 2545 โดยรัฐบาลกำหนดความจำเป็นและขอบเขตเกี่ยวกับการปฏิรูประบบราชการ จึงมีผลทำให้เกิดมีการปฏิรูปโครงสร้างบทบาทภารกิจ อัตรากำลังด้านการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือกขึ้น โดยโอนหน่วยงานสถาบันการแพทย์แผนไทยศูนย์ความร่วมมือการแพทย์แผนไทย - จีน และศูนย์ประสานงานการแพทย์ทางเลือก มาสังกัดกรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์แผนทางเลือกที่ตั้งขึ้นใหม่ ตาม พ.ร.บ. ระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. 2545 และ พ.ร.บ. ปรับปรุง กระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 (วันที่ 3 ตุลาคม 2545) และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก กระทรวงสาธารณสุข (วันที่ 9 ตุลาคม 2545)