โครงสร้างกลุ่มงานภายใต้สถาบันการแพทย์แผนไทย 

กลุ่มงานอำนวยการ	กลุ่มงานส่งเสริมบริการการแพทย์แผนไทย	กลุ่มงานพัฒนามาตรฐานบริการการแพทย์ฯ
กลุ่มงานวิชาการเภสัชกรรมไทย	กลุ่มงานวิชาการเวชกรรมไทย	กลุ่มงานวิชาการการนวดไทย
กลุ่มงานวิชาการสมุนไพรไทย	กลุ่มงานส่งเสริมการใช้ผลิตภัณฑ์สมุนไพร	กลุ่มงานวิชาการการผดุงครรภ์ไทย
กลุ่มงานพัฒนามาตรฐานยาแผนไทย	กลุ่มงานพัฒนามตรฐานกำลังคนฯ

คำสั่งกรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก

 1. คำสั่งจัดตั้งหน่วยงานภายใน กำหนดเลขที่หนังสือของหน่วยงาน กำหนดหน้าที่และอำนาจของหน่วยงานภายในสถาบันการแพทย์แผนไทย

2. คำสั่งแต่งตั้งรองผู้อำนวยการและผู้ช่วยผู้อำนวยการสถาบันการแพทย์แผนไทย

3. คำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการบริหารสถาบันการแพทย์แผนไทย

4. คำสั่งมอบหมายเจ้าหน้าที่ปฏิบัติงานประจำหน่วยงานภายใต้สถาบันการแพทย์แผนไทย