โครงสร้างกลุ่มงานภายใต้สถาบันการแพทย์แผนไทย 

1. กลุ่มงานอำนวยการ 

2. กลุ่มงานส่งเสริมบริการการแพทย์แผนไทย

3. กลุ่มงานวิชาการเภสัชกรรมไทย 

4. กลุ่มงานวิชาการเวชกรรมไทย

5. กลุ่มงานพัฒนามาตรฐานด้านบริการการแพทย์แผนไทย

6. กลุ่มงานวิชาการการนวดไทย

7. กลุ่มงานวิชาการสมุนไพรไทย

8. กลุ่มงานวิชาการการผดุงครรภ์ไทย 

9. กลุ่มงานส่งเสริมการใช้ผลิตภัณฑ์สมุนไพร

10. กลุ่มงานพัฒนามาตรฐานยาไทย

11. กลุ่มงานพัฒนามาตรฐานกำลังคนด้านการแพทย์แผนไทย

คำสั่งกรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก

 1. คำสั่งจัดตั้งหน่วยงานภายใน กำหนดเลขที่หนังสือของหน่วยงาน กำหนดหน้าที่และอำนาจของหน่วยงานภายในสถาบันการแพทย์แผนไทย

2. คำสั่งแต่งตั้งรองผู้อำนวยการและผู้ช่วยผู้อำนวยการสถาบันการแพทย์แผนไทย

3. คำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการบริหารสถาบันการแพทย์แผนไทย

4. คำสั่งมอบหมายเจ้าหน้าที่ปฏิบัติงานประจำหน่วยงานภายใต้สถาบันการแพทย์แผนไทย